醫療器械行業的主管監管政府機構是，中華人民共和國國家藥品監督管理局，簡稱國家藥監局。
國家藥監局設立9個內設機構，均為副司局級，包括綜合機構：綜合和規劃財務司、政策法規司、人事司、科技和國際合作司(港澳臺辦公室)，以及業務機構：藥品監督管理司、藥品注冊管理司(中藥民族藥監督管理司)、醫療器械監督管理司、醫療器械注冊管理司、化妝品監督管理司。
1.負責藥品（含中藥、民族藥，下同）、醫療器械和化妝品安全監督管理。擬訂監督管理政策規劃，組織起草法律法規草案，擬訂部門規章，并監督實施。研究擬訂鼓勵藥品、醫療器械和化妝品新技術新產品的管理與服務政策。
2.負責藥品、醫療器械和化妝品標準管理。組織制定、公布國家藥典等藥品、醫療器械標準，組織擬訂化妝品標準，組織制定分類管理制度，并監督實施。參與制定國家基本藥物目錄，配合實施國家基本藥物制度。
3.負責藥品、醫療器械和化妝品注冊管理。制定注冊管理制度，嚴格上市審評審批，完善審評審批服務便利化措施，并組織實施。
4.負責藥品、醫療器械和化妝品質量管理。制定研制質量管理規范并監督實施。制定生產質量管理規范并依職責監督實施。制定經營、使用質量管理規范并指導實施。
5.負責藥品、醫療器械和化妝品上市后風險管理。組織開展藥品不良反應、醫療器械不良事件和化妝品不良反應的監測、評價和處置工作。依法承擔藥品、醫療器械和化妝品安全應急管理工作。
6.負責執業藥師資格準入管理。制定執業藥師資格準入制度，指導監督執業藥師注冊工作。
7.負責組織指導藥品、醫療器械和化妝品監督檢查。制定檢查制度，依法查處藥品、醫療器械和化妝品注冊環節的違法行為，依職責組織指導查處生產環節的違法行為。
8.負責藥品、醫療器械和化妝品監督管理領域對外交流與合作，參與相關國際監管規則和標準的制定。
9.負責指導省、自治區、直轄市藥品監督管理部門工作。
以下內容將重點聚焦醫療器械注冊及監管司介紹以及醫療器械注冊管理司和醫療器械監督管理司的職能與分工。
組織擬訂并監督實施醫療器械標準、分類規則、命名規則和編碼規則。擬訂并實施醫療器械注冊管理制度。承擔相關醫療器械注冊、臨床試驗審批工作。擬訂并監督實施醫療器械臨床試驗質量管理規范、技術指導原則。承擔組織檢查研制現場、查處違法行為工作。
負責司內綜合事務。協調推進醫療器械審評審批制度改革工作。
組織擬訂醫療器械注冊管理制度并監督實施。承擔有源醫療器械、體外診斷試劑注冊、高風險有源醫療器械臨床試驗審批工作。組織開展相關產品研制現場檢查，組織查處相關違法行為。
組織擬訂醫療器械臨床試驗管理制度、質量管理規范并監督實施。承擔無源醫療器械注冊、高風險無源醫療器械臨床試驗審批工作。組織開展相關產品研制現場檢查，組織查處相關違法行為。
組織擬訂醫療器械標準、分類規則、命名規則和編碼規則并監督實施。
組織擬訂并依職責監督實施醫療器械生產質量管理規范，組織擬訂并指導實施醫療器械經營、使用質量管理規范。承擔組織指導生產現場檢查、組織查處重大違法行為工作。組織質量抽查檢驗，定期發布質量公告。組織開展不良事件監測并依法處置。
組織擬訂并依職責監督實施有源醫療器械、無源醫療器械生產監管制度和生產質量管理規范。組織指導其生產的現場檢查，組織查處其生產環節重大違法行為。
組織擬訂并依職責監督實施體外診斷試劑及臨床檢驗器械的生產監管制度和生產質量管理規范。組織指導其生產的現場檢查，組織查處其生產環節重大違法行為。組織擬訂并指導實施醫療器械經營、使用質量管理規范。
擬訂醫療器械不良事件監測管理制度，組織開展不良事件監測并依法處置。組織質量抽查檢驗，定期發布質量公告。組織開展醫療器械再評價工作。
國家藥品監督管理局直屬單位共21家，與醫療器械職能、職責相關的有：
(國家藥品監督管理局醫療器械標準管理中心，中國藥品檢驗總所)
主要職責
（一）承擔食品、藥品、醫療器械、化妝品及有關藥用輔料、包裝材料與容器（以下統稱為食品藥品）的檢驗檢測工作。組織開展藥品、醫療器械、化妝品抽驗和質量分析工作。負責相關復驗、技術仲裁。組織開展進口藥品注冊檢驗以及上市后有關數據收集分析等工作。
（二）承擔藥品、醫療器械、化妝品質量標準、技術規范、技術要求、檢驗檢測方法的制修訂以及技術復核工作。組織開展檢驗檢測新技術新方法新標準研究。承擔相關產品嚴重不良反應、嚴重不良事件原因的實驗研究工作。
（六）組織開展有關國家標準物質的規劃、計劃、研究、制備、標定、分發和管理工作。
（七）負責生產用菌毒種、細胞株的檢定工作。承擔醫用標準菌毒種、細胞株的收集、鑒定、保存、分發和管理工作。
（八）承擔實驗動物飼育、保種、供應和實驗動物及相關產品的質量檢測工作。
（九）承擔食品藥品檢驗檢測機構實驗室間比對以及能力驗證、考核與評價等技術工作。
（十）負責研究生教育培養工作。組織開展對食品藥品相關單位質量檢驗檢測工作的培訓和技術指導。
（十一）開展食品藥品檢驗檢測國際（地區）交流與合作。
國家藥品監督管理局
醫療器械技術審評中心
主要職責
（一）負責申請注冊的國產第三類醫療器械產品和進口醫療器械產品的受理和技術審評工作；負責進口第一類醫療器械產品備案工作。
（二）參與擬訂醫療器械注冊管理相關法律法規和規范性文件。組織擬訂相關醫療器械技術審評規范和技術指導原則并組織實施。
（三）承擔再生醫學與組織工程等新興醫療產品涉及醫療器械的技術審評。
（五）開展醫療器械審評相關理論、技術、發展趨勢及法律問題研究。
（六）負責對地方醫療器械技術審評工作進行業務指導和技術支持。
（七）組織開展相關業務咨詢服務及學術交流，開展醫療器械審評相關的國際（地區）交流與合作。
國家藥品監督管理局
食品藥品審核查驗中心
主要職責
（一）組織制定修訂藥品、醫療器械、化妝品檢查制度規范和技術文件。
（二）承擔藥物臨床試驗、非臨床研究機構資格認定（認證）和研制現場檢查。承擔藥品注冊現場檢查。承擔藥品生產環節的有因檢查。承擔藥品境外檢查。
（三）承擔醫療器械臨床試驗監督抽查和生產環節的有因檢查。承擔醫療器械境外檢查。
（四）承擔化妝品研制、生產環節的有因檢查。承擔化妝品境外檢查。
（六）開展檢查理論、技術和發展趨勢研究、學術交流及技術咨詢。
（七）承擔藥品、醫療器械、化妝品檢查的國際（地區）交流與合作。
國家藥品監督管理局
行政事項受理服務和投訴舉報中心
主要職責
（一）負責藥品、醫療器械、化妝品行政事項的受理服務和審批結果相關文書的制作、送達工作。
（二）受理和轉辦藥品、醫療器械、化妝品涉嫌違法違規行為的投訴舉報。
（三）負責藥品、醫療器械、化妝品行政事項受理和投訴舉報相關信息的匯總、分析、報送工作。
（四）負責藥品、醫療器械、化妝品重大投訴舉報辦理工作的組織協調、跟蹤督辦，監督辦理結果反饋。
（五）參與擬訂藥品、醫療器械、化妝品行政事項和投訴舉報相關法規、規范性文件和規章制度。
（六）負責投訴舉報新型、共性問題的篩查和分析，提出相關安全監管建議。承擔國家局執法辦案、整治行動的投訴舉報案源信息報送工作。
（七）承擔國家局行政事項受理服務大廳的運行管理工作。參與國家局行政事項受理、審批網絡系統的運行管理。承擔國家局行政事項收費工作。
（八）參與藥品、醫療器械審評審批制度改革以及國家局"互聯網+政務服務"平臺建設、受理服務工作。
（九）指導協調省級藥品監管行政事項受理服務及投訴舉報工作。
（十）開展與藥品、醫療器械、化妝品行政事項受理及投訴舉報工作有關的國際（地區）交流與合作。
國家藥品監督管理局藥品評價中心
(國家藥品不良反應監測中心)
主要職責
（一）組織制定修訂藥品不良反應、醫療器械不良事件、化妝品不良反應監測與上市后安全性評價以及藥物濫用監測的技術標準和規范。
（二）組織開展藥品不良反應、醫療器械不良事件、化妝品不良反應、藥物濫用監測工作。
（三）開展藥品、醫療器械、化妝品的上市后安全性評價工作。
（四）指導地方相關監測與上市后安全性評價工作。組織開展相關監測與上市后安全性評價的方法研究、技術咨詢和國際（地區）交流合作。
